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ochalog

Ruby と MediaWiki が好きな電子・情報系の学生のブログ。

DSSP で求めた二次構造を反映させる PyMOL スクリプトの生成(マイナーアップデート版)

タンパク質の二次構造について DSSP で計算した結果と図のそれを合わせたいときに、必要な PyMOL スクリプトを自動生成するプログラムを Ruby で書いてみた。

クリスタルコンタクトを求めるプログラム「symia2csv」

クリスタルコンタクトに関係するアミノ酸残基を CSV で出力するプログラムを書いた。

研究関連日記

研究の経過発表を英語で行わなければならないらしいので、慣れない英語文章の組み立てに格闘中。ゴールデンウィークの間の平日で完成すればいいが… 前回のドメイン間の角度を求める方法、「3次元空間での直線回帰 - NARKIVE」を見ると座標の主成分分析でい…

タンパク質のドメイン間の角度を求めるアルゴリズム

ある論文に、特に方法は明記されずタンパク質のドメイン間の角度が書かれていたので、それを求めるアルゴリズムを考えてみた。